Για την επίτευξη της καλής κατάστασης των υδάτων απαιτείται η κατάρτιση και εφαρμογή Σχεδίων Διαχείρισης σε επίπεδο Λεκάνης Απορροής Ποταμού. Τα Σχέδια Διαχείρισης περιγράφονται αναλυτικά στο Άρθρο 13 και στο Παράρτημα VII της Οδηγίας 2000/60/ΕΚ και περιλαμβάνουν, μεταξύ άλλων, Προγράμματα Μέτρων για την προστασία και αποκατάσταση των υδάτων, σύμφωνα με το Άρθρο 11 και το Παράρτημα VI της Οδηγίας.

Τα εγκεκριμένα Σχέδια Διαχείρισης, καταρτίστηκαν σύμφωνα με τις προδιαγραφές της Οδηγίας 2000/60/ΕΚ, κατ’ εφαρμογή του Ν. 3199/2003 και του ΠΔ 51/2007. Τα εγκεκριμένα Σχέδια περιλαμβάνουν όλες τις αναλυτικές πληροφορίες που απαιτούνται από το Άρθρο 13 και το Παράρτημα VII της Οδηγίας 2000/60/ΕΚ.

Επιπλέον, κατ΄εφαρμογή του άρθρου 15(3) της Οδηγίας 2000/60/ΕΕ, υλοποιείται ενδιάμεση έκθεση στην οποία περιγράφεται η πρόοδος που έχει σημειωθεί ως προς την εφαρμογή του προβλεπόμενου προγράμματος μέτρων. Η έκθεση προόδου εφαρμογής των προγραμμάτων μέτρων των Σχεδίων Διαχείρισης των Λεκανών Απορροής Ποταμών των Υδατικών Διαμερισμάτων της Χώρας (εφεξής Σχέδια Διαχείρισης) συντάσσεται από την Ειδική Γραμματεία Υδάτων (ΕΓΥ) στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων της βάσει του ν. 3199/2003 όπως τροποποιήθηκε και ισχύει σήμερα και είναι διαθέσιμη εδώ.