Η Αποκεντρωμένη Διοίκηση Μακεδονίας-Θράκης ανταποκρίνεται σε Προσκλήσεις  συμμετοχής σε Προγράμματα/Έργα είτε πρόκειται για Στοχευμένες είτε για Ανοικτές Προσκλήσεις σε Δυνητικούς Δικαιούχους και συμμετέχει ως μοναδικός δικαιούχος ή συν-δικαιούχος τόσο σε πολυμερή/πολυεθνικά σχήματα (Interreg, LIFE,H2020) όσο και σε εθνικά επιχειρησιακά προγράμματα (Π.Ε.Π, Τ.Ε.Π.).

Ειδικότερα, ανταποκρίνεται σε Προσκλήσεις που αφορούν τομείς αρμοδιότητας της όπως: Διαχείριση Δασών, Υδάτων, Γαιών, Αναβάθμιση υποδομών συνοριακών σταθμών στις περιοχές ευθύνης της.

Συμμετέχει σε έργα με στρατηγικό χαρακτήρα, όπως τα Εθνικά Σχέδια Διαχείρισης για την εφαρμογή των Κοινοτικών Οδηγιών 2000/60/ΕΚ για τα Ύδατα και 2007/60/ΕΚ για τις Πλημμύρες.

Παράλληλα, ο φορέας είναι σταθερά προσανατολισμένος στην συμμετοχή του σε έργα στον τομέα της Ευρωπαϊκής Εδαφικής Συνεργασίας με γείτονες χώρες, καθώς εκ της χωρικής του αρμοδιότητας εκτείνεται γεωγραφικά σε δώδεκα νομούς καλύπτοντας ένα μεγάλο εύρος της διασυνοριακής γραμμής.